Os trabalhos de Ernesto Neto situam-se entre a escultura e a instalação. No início da carreira, sua trajetória é marcada pelas obras dos artistas José Resende e Tunga, na exploração da articulação formal e simbólica entre matérias diversas. Na obra "A-B-A (chapa-corda-chapa)", de 1987, explora a tensão estabelecida entre chapas retangulares de ferro, unidas por uma corda de nylon. Opta por procedimentos construtivos simples, que envolvem a articulação desses materiais também em relação ao ambiente circundante.
Na instalação "Copulônia" de 1989, insere pequenas esferas de chumbo em meias de poliamida, que pendem do teto ou se apresentam dispostas no chão. Explora assim o peso do metal, a plasticidade proporcionada pelas pequenas esferas e a aparente fragilidade do tecido. A utilização de meias de poliamida marca a trajetória do artista em relação ao abandono gradual de elementos construtivos mais rígidos e a busca de materiais mais flexíveis e cotidianos.
Na segunda metade da década de 1990, Ernesto Neto passa a realizar esculturas nas quais emprega tubos de malha fina e translúcida, preenchidos com especiarias, de variadas cores e aromas: açafrão, urucum, cominho, pimenta-do-reino moída ou cravo em pó. Em algumas obras, os amontoados de temperos são dispostos no chão enquanto as extremidades dos tubos de tecido são amarradas no teto, gerando a verticalidade das esculturas e também uma interação com o espaço expositivo. As esculturas apresentam alusões ao corpo humano, no tecido que se assemelha à epiderme e nas formas sinuosas que se estabelecem no espaço. Os títulos dos trabalhos reiteram a intenção do artista de situar o corpo humano na centralidade de sua obra: "O Céu É a Anatomia do Meu Corpo" ou "Acontece na Fricção dos Corpos", ambas de 1998.
No fim da década de 1990, Ernesto Neto passa a elaborar estruturas de tecido transparente e flexível, que podem ser penetradas pelo público. Algumas dessas esculturas são denominadas naves. Na opinião do crítico de arte Moacir dos Anjos, nas naves pode ser percebida a inspiração em trabalhos de Hélio Oiticica e Lygia Clark.
Ernesto Neto realiza ainda um outro grupo de trabalhos nos quais revela a vontade de capturar o corpo humano no interior das esculturas, como ocorre com "Humanóides" de 2001, nas quais o espectador veste a escultura, o que transmite uma sensação de conforto e aconchego. Em trabalhos apresentados entre 2002 e 2003, ele utiliza basicamente luz e tecidos. Cria superfícies de lycra, dentro das quais o espectador pode caminhar, ficando imerso em campos de cor. O tecido deixa de ser o recipiente para os pigmentos e tornar-se, simultaneamente, matéria e cor.
O artista cria em suas obras espaços de intercâmbio, que solicitam do espectador a superação da experiência meramente visual, aguçando seus sentidos. O corpo prevalece como eixo de sua proposta. Emprega constantemente formas que se tocam no espaço, estabelecendo sugestões de sensualidade e de união física, presentes em grande parte de sua produção.
Entre as exposições mais recentes do artista estão: "Sopro", na Pinacoteca do Estado de São Paulo, São Paulo, 2019; "Yub? Jibóia Boa", no Museum of Contemporary Art Kiasma em Helsinki, Finlândia, em 2016; "Finland The Jaguar and the Boa", no Kunsten Museum of Modern Art Aalborg, Dinamarca, em 2016; "Sacred Secret", Thyssen-Bornemisa Art Contemporary - TBA21, em Vienna, Austria, em 2015; "Coletiva de Verão", Galeria Fortes Vilaça, São Paulo, 2014-2015; "The Body that Carries Me", Guggenheim Bilbao, Espanha, 2014; entre outras. Suas obras estão em importantes coleções do mundo, tais como: 21st Century Museum of Contemporary Art, Kanazawa, Japõ; Centre Georges Pompidou, Paris, França; Fundació La Caixa, Barcelona, Espanha; Fundación Televisa, México; Henry Art Gallery, University of Washington, Seattle, USA; Inhotim Centro de Arte Contemporânea, Brumadinho, Brasil; entre outras.