Carlos Fajardo cria principalmente instalações, e sua obra também transita entre a pintura e a escultura, uma e outra se permeando constantemente. Participou da Bienal de São Paulo nas 9ª, 16ª, 19ª e 25ª edições. Também esteve presente nas 45ª e 48ª edições da Bienal de Veneza, na 9ª Bienal de Cuenca e na 1ª Bienal do Mercosul. Realizou exposições coletivas e individuais em várias instituições do mundo, e sua obra integra coleções como a do MAM – Museu de Arte Moderna e MAC – Museu de Arte Contemporânea, ambos em São Paulo; e de outras coleções públicas e particulares.
O Grupo Rex, marco da arte brasileira, foi o ponto de partida para que Carlos Fajardo se inserisse na cena artística dos anos 1960. Tendo estudado com Regina Silveira, junta-se ao grupo formado inicialmente por Wesley Duke Lee (que também foi seu professor), Nelson Leirner e Geraldo de Barros, que pretendia criticar a situação da arte brasileira naquele momento. De modo irônico e bem-humorado, os integrantes do grupo, do qual participaram também José Resende e Frederico Nasser, criaram o jornal "Rex Time" e desenvolveram um espaço expositivo, a Rex Gallery and Sons para discutirem a arte como mercadoria, a crítica dominante, o lugar do espectador. Em seguida, num momento de crise política no país, funda a Escola Brasil:, junto a José Resende e Luiz Paulo Baravelli, com a proposta de ensinar arte de uma forma “antiacadêmica”, “abolindo a fragmentação do conhecimento artístico”. Fajardo permanece formando outros artistas e leciona na ECA USP – Escola de Comunicações e Artes da Universidade de São Paulo.
Segundo Ivo Mesquita, “o rigor do seu trabalho é enriquecido pela ambiguidade de sua sensibilidade que transita entre o masculino e o feminino (…) mais que afirmar a tradição da Modernidade (…) deixa aberta a possibilidade de deslocamentos para outros territórios”. É assim que, tanto na pintura quanto na escultura, a obra de Carlos Fajardo constrói velamentos, vãos, limites. Desde sua obra inicial, na qual produzia principalmente trabalhos bidimensionais, até sua obra mais atual, em que as questões de plano e meio se contaminam, o artista sempre pensou a superfície, seja ela do suporte, do material ou mesmo do sentido.